
เรือหลายลำหายไปอย่างลึกลับใกล้เกาะโอโดะ ทำให้ชาวบ้านเชื่อว่าเป็นฝีมือของก็อตซิลลา สัตว์ประหลาดในตำนาน ทีมสำรวจนำโดยศาสตราจารย์ยามาเน่ ลูกสาวเอมิโกะ และนายเรือโอกาตะเดินทางไปตรวจสอบ พบรอยเท้ายักษ์และร่องรอยกัมมันตรังสีจากการทดลองระเบิดไฮโดรเจน
ก็อตซิลลาปรากฏตัวบนเกาะแล้วกลับลงทะเล ทิ้งความหวาดกลัวไว้เบื้องหลัง เมื่อมันบุกขึ้นฝั่งอีกครั้ง กองทัพพยายามสกัดด้วยอาวุธทุกชนิดแต่ไม่เป็นผล สัตว์ประหลาดสูงห้าสิบเมตรใช้ลมหายใจกัมมันตรังสีทำลายสิ่งกีดขวางและเดินทางเข้าสู่โตเกียว
ท่ามกลางความพินาศ เอมิโกะเปิดเผยความลับของดร.เซริซาวะที่ครอบครองอาวุธออกซิเจนเดสทรอยเยอร์ ซึ่งสามารถทำลายสิ่งมีชีวิตได้ เขาลังเลเพราะกลัวอาวุธนี้จะถูกนำไปใช้ในทางที่ผิด โอกาตะและเอมิโกะต้องพยายามโน้มน้าวเขาให้ยอมช่วยหยุดก็อตซิลลาก่อนที่เมืองจะถูกทำลายย่อยยับ