
สิบปีหลังเหตุการณ์บนดาวนาบู สาธารณรัฐกำลังเผชิญขบวนการแบ่งแยกของเคานต์ดูกู แพดเม่เดินทางมาคอรัสซังต์เพื่อลงคะแนนเรื่องการสร้างกองทัพ แต่ยานของเธอถูกระเบิดทำลาย เธอรอดมาได้เพราะใช้ตัวแทน
โอบีวันและอนาคินสกัดการลอบสังหารครั้งที่สองได้ แต่ผู้จ้างวานถูกฆ่าก่อนเปิดเผยชื่อ โอบีวันถูกสั่งให้สืบสวนส่วนอนาคินได้รับหน้าที่คุ้มครองแพดเม่กลับนาบู ทั้งคู่เริ่มมีความสัมพันธ์ต้องห้ามตามกฎของเจได
โอบีวันตามร่องรอยไปถึงดาวคามิโนและพบว่ามีการสร้างกองทัพโคลนขนาดใหญ่ให้สาธารณรัฐโดยใช้แยงโก เฟตต์เป็นต้นแบบ ขณะเดียวกันอนาคินกับแพดเม่ต้องเดินทางต่อไปยังดาวที่อันตรายและตัดสินใจว่าจะเสี่ยงทุกอย่างเพื่อกันหรือไม่